Die Stiftung bezweckt gemäss Gründungsurkunde «die Förderung des Kulturlebens in der Region Ostschweiz, indem sie Trägerschaften und Einzelpersonen unterstützt, die sich in edukativer Weise um die öffentliche Aufführung des Gesamtwerkes von Johann Sebastian Bach bemühen, um so insbesondere der Jugend die Bedeutung seines musikalischen Schaffens näherzubringen». 2011 wurde eine zweite Stiftung, die Internationale J.S. Bach-Stiftung Zürich, ohne Einschränkung auf die Region, mit Sitz in Zürich gegründet.

Der Grund dafür, dass Bachkantaten relativ selten aufgeführt werden, liegt in einem für den traditionellen Konzertbetrieb ungünstigen Kosten-Nutzen-Verhältnis. Für die zum Teil sehr kurzen Werke wird ein aufwendiger «Apparat» benötigt: ein vielfältig besetztes Orchester, eine Gesangssolistengruppe, ein Chor.

Um die seit 2016 kontinuierlich wachsendene Konzert- und Verlagstätigkeit mit betriebswirtschaftlicher Effizienz zu führen und deren operativen Bedürfnissen gerecht zu werden, wurde Anfang Januar 2016 eine grundlegende Reorganisation der J. S. Bach-Stiftung initiiert, deren wichtigste Meilensteine im ersten Quartal 2017 erreicht wurden. Damit sich die J. S. Bach-Stiftung gemäss ihren statutarischen Zielen auf die Finanzierung der Gesamtaufführung des Vokalwerks von Bach konzentrieren kann, wurde die bislang von der Stiftung abgewickelte operative Tätigkeit an ihre Tochtergesellschaft, die J.S. Bach St. Gallen AG, übertragen.

Das Gesamtvokalwerk von J.S. Bach mit unserem hauseigenen Ensemble zur Aufführung zu bringen und in Ton und Bild aufzuzeichnen, beansprucht einen hohen Einsatz finanzieller Mittel. Aus diesem Grund sind wir gezwungen uns auf unser eigenes Engagement zu konzentrieren und können keine externen Projekte finanziell unterstützen.