Um die seit 2006 kontinuierlich wachsende Konzert- und Verlagstätigkeit mit betriebswirtschaftlicher Effizienz zu führen und deren operativen Bedürfnissen gerecht zu werden, wurde Anfang Januar 2016 eine grundlegende Reorganisation der J. S. Bach-Stiftung initiiert, deren wichtigste Meilensteine im ersten Quartal 2017 erreicht wurden. Damit sich die J. S. Bach-Stiftung gemäss ihren statutarischen Zielen auf die Finanzierung der Gesamtaufführung des Vokalwerks von Bach konzentrieren kann, wurde die bislang von der Stiftung abgewickelte operative Tätigkeit an ihre Tochtergesellschaft, die Vertriebs AG der J. S. Bach-Stiftung, übertragen. Diese wurde ihrerseits per Ende März 2017 umfirmiert.

Seitdem operiert die neu ausgerichtete J. S. Bach St. Gallen AG im Auftrag der J. S. Bach-Stiftung und setzt deren künstlerische Vorgaben auf operativer Ebene um.